2.ManejoDatos

Autor/a

Jonathan V. Solórzano

Fecha de publicación

3 de octubre de 2024

Flujo de trabajo en proyectos de ciencia de datos

Lectura de datos
Revisión y análisis descriptivo.
Preprocesamiento
Análisis estadísticos o ajuste de modelos
Exportación y presentación de resultados.

Paquetes

Un paso más allá: uso de paquetes

Los paquetes son conjuntos de funciones que vienen en un paquete.
Para usar las funciones contenidas en un paquete hay que descargarlas
Y luego cargarlas en el espacio de trabajo
¿Cómo?:
- Instala el paquete en el disco local (TX mirror recomendado)
  - install.packages(“nombre del paquete”)
- Una vez instalado
  - library(“nombre del paquete”)
- Así queda cargado en el espacio de trabajo y ya podemos usar las funciones

Recordar: cada vez que se abre R de nuevo, hay que cargar los paquetes deseados.

Instalar paquetes

# install.packages("vegan")
library("vegan")

Instalar vegan

Cargar vegan

help(cca) para sacar la ayuda y ver qué hace la función cca en el paquete vegan.

Paquetes personalizados

Uno puede crear su propio paquete de funciones.
Distribuirlo para otros usuarios.
Sólo se requiere seguir una documentación para informar sobre lo que hace el paquete, cada función, el desarrollador, el tipo de licencia, etc.
Estos paquetes se pueden subir en github.com.
De este sitio también se pueden descargar otros paquetes desarrollados por usuarios.

Revisar documentación del paquete vegan vegan

Otros paquetes

vegan: Community Ecology Package.
terra.
ggplot2: Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics.
sf .
tidyverse.
landscapemetrics.
iNext.
tidymodels.

consultar: https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html

Muchos paquetes traen algunos datos de ejemplo que pueden servir para saber cómo se tienen que meter los datos a ciertas funciones.

Por ejemplo:

data("dune")
data("dun.env")

Warning in data("dun.env"): data set 'dun.env' not found

data("BCI")
data("BCI.env")

Proyectos

Crear nuevo proyecto

Ventajas:

Definen la ruta de raíz como el directorio del proyecto.
LLevar mejor organización de datos y carpetas.
Permiten guardar entorno de trabajo para ese proyecto.
Permite mantener un historial separado por proyecto.
Sustituir \ con / en las rutas.

Mi sugerencia:

Carpeta de 1) datos, 2) resultados y 3) scripts.

Lectura y escritura

Funciones base

Hasta ahora todo ha sido dentro de Rs

Importar tablas de Excel
- Guardar la tabla como csv
- Importarlo mediante el comando read.csv(“Ruta del archivo.csv”)
- Las rutas deben de contener únicamente / y no \ (default de Windows).
- Meter la tabla a un objeto
Exportar tablas de Excel
- Guardar la tabla en un objeto
- Exportar objeto mediante el comando write.csv(obj_resul,”Ruta del archivo.csv”)

Normalmente las variables se acomodan en las columnas, mientras que en los renglones cada observación.

Lectura

Revisar el directorio de trabajo utilizando getwd()
Escribir el nombre del archivo con todo y extensión
Descargar archivos en la siguiente liga: https://github.com/JonathanVSV/CursoR/tree/main/Data

Al entrar a la página dar clic en cada archivo y descargar (download raw file).

datos <- read.csv("Individuos_InFys.csv",
                  header=T,
                  encoding = "utf-8",
                  stringsAsFactors= FALSE)
#Mostrar la parte superior de los datos
head(datos)

  Id_parcela                                         DESCRIP_S7_C3
1       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
2       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
3       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
4       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
5       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
6       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
  NombreComun_C3 Familia_APG_C3 Genero_APG_C3 Especie_APG_C3
1       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
2       Mezquite       Fabaceae      Prosopis           NULL
3       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
4       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
5       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
6       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
  NombreCientifico_APG_C3 Forma_Biologica_Cat_C3        Condicion_C3
1      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
2                Prosopis          Indeterminada Arbol muerto en pie
3      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
4      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
5      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
6      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
  AlturaTotal_C3 AreaBasal_C3 biomasa_kg_C3
1            4.0     0.009161     16.249382
2            1.6     0.006221      2.464664
3            2.8     0.013273     25.276389
4            4.2     0.022698     47.901356
5            3.0     0.008495     14.851779
6            3.1     0.016286     32.252683

#Mostrar su estructura
str(datos)

'data.frame':   65 obs. of  12 variables:
 $ Id_parcela             : int  4165 4165 4165 4165 4165 4165 4165 4165 4165 4165 ...
 $ DESCRIP_S7_C3          : chr  "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO" ...
 $ NombreComun_C3         : chr  "Mezquite" "Mezquite" "Mezquite" "Mezquite" ...
 $ Familia_APG_C3         : chr  "Fabaceae" "Fabaceae" "Fabaceae" "Fabaceae" ...
 $ Genero_APG_C3          : chr  "Prosopis" "Prosopis" "Prosopis" "Prosopis" ...
 $ Especie_APG_C3         : chr  "juliflora" "NULL" "juliflora" "juliflora" ...
 $ NombreCientifico_APG_C3: chr  "Prosopis juliflora" "Prosopis" "Prosopis juliflora" "Prosopis juliflora" ...
 $ Forma_Biologica_Cat_C3 : chr  "Arbusto" "Indeterminada" "Arbusto" "Arbusto" ...
 $ Condicion_C3           : chr  "Arbol vivo" "Arbol muerto en pie" "Arbol vivo" "Arbol vivo" ...
 $ AlturaTotal_C3         : num  4 1.6 2.8 4.2 3 3.1 4.1 3.6 4.3 3.4 ...
 $ AreaBasal_C3           : num  0.00916 0.00622 0.01327 0.0227 0.0085 ...
 $ biomasa_kg_C3          : num  16.25 2.46 25.28 47.9 14.85 ...

Recomendación para leer archivos

A veces R lee las columnas con caracteres como factores.
Recuerden el problema de hacer conversión de factores a números.
Recomendación: añadan stringsAsFactors = FALSE como último argumento de read.csv.

Escritura

Escribir el nombre del archivo con todo y extensión.

Escribir en csv

write.csv(datos,"Resul/Individuos_InFys_proc.csv",
          row.names = F,
          fileEncoding = "utf-8")

Otra opción guardarlo en objeto de tipo rds.

saveRDS(datos,"Resul/Individuos_InFys_proc.rds")

Leer RDS

readRDS("Resul/Individuos_InFys_proc.rds")

   Id_parcela                                         DESCRIP_S7_C3
1        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
2        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
3        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
4        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
5        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
6        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
7        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
8        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
9        4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
10       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
11       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
12       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
13       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
14       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
15       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
16       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
17       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
18       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
19       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
20       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
21       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
22       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
23       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
24       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
25       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
26       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
27       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
28       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
29       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
30       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
31       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
32       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
33       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
34       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
35       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
36       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
37       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
38       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
39       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
40       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
41       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
42       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
43       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
44       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
45       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
46       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
47       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
48       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
49       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
50       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
51       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
52       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
53       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
54       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
55       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
56       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
57       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
58       4830 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
59       4830 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
60       4830 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
61       4830 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
62       4830 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
63       4830 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
64       4830 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
65       4830 VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO
   NombreComun_C3 Familia_APG_C3 Genero_APG_C3 Especie_APG_C3
1        Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
2        Mezquite       Fabaceae      Prosopis           NULL
3        Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
4        Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
5        Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
6        Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
7        Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
8        Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
9        Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
10       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
11       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
12       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
13       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
14       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
15       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
16       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
17       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
18       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
19       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
20       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
21       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
22       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
23       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
24       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
25    Palo fierro       Fabaceae        Olneya         tesota
26       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
27       Mezquite       Fabaceae      Prosopis           NULL
28       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
29       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
30       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
31       Mezquite       Fabaceae      Prosopis           NULL
32       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
33    Palo fierro       Fabaceae        Olneya         tesota
34       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
35       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
36       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
37       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
38       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
39       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
40       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
41       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
42       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
43       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
44        Mequite       Fabaceae      Prosopis           NULL
45       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
46       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
47       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
48       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
49       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
50       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
51       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
52       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
53       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
54       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
55       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
56       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
57       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
58       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
59       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
60       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
61       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
62       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
63       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
64     Palo verde       Fabaceae     Cercidium   microphyllum
65       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
   NombreCientifico_APG_C3 Forma_Biologica_Cat_C3        Condicion_C3
1       Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
2                 Prosopis          Indeterminada Arbol muerto en pie
3       Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
4       Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
5       Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
6       Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
7       Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
8       Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
9       Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
10      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
11      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
12      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
13      Prosopis juliflora                Arbusto Arbol muerto en pie
14      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
15      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
16      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
17      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
18      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
19      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
20      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
21      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
22      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
23      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
24      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
25           Olneya tesota                  Arbol Arbol muerto en pie
26      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
27                Prosopis          Indeterminada Arbol muerto en pie
28      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
29      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
30      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
31                Prosopis          Indeterminada Arbol muerto en pie
32      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
33           Olneya tesota                  Arbol          Arbol vivo
34      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
35      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
36      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
37      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
38      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
39      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
40      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
41      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
42      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
43      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
44                Prosopis          Indeterminada Arbol muerto en pie
45      Prosopis juliflora                Arbusto Arbol muerto en pie
46      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
47      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
48      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
49      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
50      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
51      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
52      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
53      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
54      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
55      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
56      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
57      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
58      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
59      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
60      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
61      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
62      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
63      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
64  Cercidium microphyllum                  Arbol          Arbol vivo
65      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
   AlturaTotal_C3 AreaBasal_C3 biomasa_kg_C3
1            4.00  9.16100e-03     16.249382
2            1.60  6.22100e-03      2.464664
3            2.80  1.32730e-02     25.276389
4            4.20  2.26980e-02     47.901356
5            3.00  8.49500e-03     14.851779
6            3.10  1.62860e-02     32.252683
7            4.10  1.49570e-02     29.142036
8            3.60  6.08200e-03      9.974479
9            4.30  9.16100e-03     16.249382
10           3.40  1.13100e-02     20.887042
11           2.80  8.33200e-03     14.513733
12           4.60  5.10710e-02    125.884795
13           1.60  8.65900e-03      3.575039
14           5.50  1.53940e-02     30.158597
15           3.30  8.49500e-03     14.851779
16           4.10  1.13100e-02     20.887042
17           3.50  5.80900e-03      9.442736
18           4.00  1.30700e-02     24.815516
19           5.60  2.11240e-02     43.970451
20           3.40  1.13100e-02     20.887042
21           4.50  8.65900e-03     15.194350
22           4.00  1.76720e-02     35.547863
23           4.60  8.65900e-03     15.194350
24           3.40  4.77800e-03      7.482547
25           1.50  1.07510e-02      4.412067
26           4.60  2.83530e-02     62.439276
27           1.80  5.67500e-03      2.529112
28           3.10  3.63050e-02     83.827956
29           3.10  5.02700e-03      7.947883
30           3.90  1.03870e-02     18.872567
31           1.00  1.96070e-02      4.854806
32           3.80  1.58370e-02     31.195443
33           4.00  1.53940e-02     41.957409
34           2.30  1.32730e-02     25.276389
35           3.90  9.50300e-03     16.975665
36           3.40  6.08200e-03      9.974479
37           2.90  6.36200e-03     10.523202
38           3.80  6.64800e-03     11.089052
39           3.70  5.41100e-03      8.676631
40           3.50  2.13830e-02     44.612059
41           4.30  8.65900e-03     15.194350
42           3.80  5.80900e-03      9.442736
43           4.60  1.72030e-02     34.428785
44           9.00  5.54200e-03     12.349767
45           3.40  8.65900e-03      7.596957
46           4.40  1.28680e-02     24.359557
47           4.30  1.03870e-02     18.872567
48           3.70  1.28680e-02     24.359557
49           2.00  5.67500e-03      9.183185
50           3.30  5.02700e-03      7.947883
51           4.00  2.24320e-02     47.232621
52           3.50  9.85200e-03     17.720443
53           4.30  1.81460e-02     36.687769
54           3.90  7.85400e-03     13.526581
55           3.70  5.02700e-03      7.947883
56           3.80  5.94500e-03      9.706494
57           3.70  9.50300e-03     16.975665
58           5.00  4.90200e-03      7.713179
59           2.18  9.99991e+05     24.417714
60           3.67  5.15300e-03      8.186680
61           4.68  8.17100e-03     14.180196
62           4.23  5.02700e-03      7.947883
63           3.38  5.94500e-03      9.706494
64           3.72  5.80900e-03     11.743203
65           2.84  5.15300e-03      8.186680

Problemas comunes: encoding

Problemas comunes con la importación y exportación de datos: encoding. R suele usar utf-8, a veces excel tiene otra codificación A veces al abrir los datos en excel y guardarlos, se cambia el encoding de los archivos o el formato de la información (p.ej., fechas).

Recomendación: Revisar el encoding nativo de su R con Sys.getlocale() y si existe la opción de guardar desde excel con codificación utf-8, usarla.

Ver los acentos

datos <- read.csv("Individuos_InFys_latin1.csv",
                  header=T,
                  encoding = "utf-8")
#Mostrar la parte superior de los datos
head(datos)

  Id_parcela                                               DESCRIP_S7_C3
1       4165 VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO
2       4165 VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO
3       4165 VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO
4       4165 VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO
5       4165 VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO
6       4165 VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO
  NombreComun_C3 Familia_APG_C3 Genero_APG_C3 Especie_APG_C3
1       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
2       Mezquite       Fabaceae      Prosopis           NULL
3       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
4       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
5       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
6       Mezquite       Fabaceae      Prosopis      juliflora
  NombreCientifico_APG_C3 Forma_Biologica_Cat_C3        Condicion_C3
1      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
2                Prosopis          Indeterminada Arbol muerto en pie
3      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
4      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
5      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
6      Prosopis juliflora                Arbusto          Arbol vivo
  AlturaTotal_C3 AreaBasal_C3 biomasa_kg_C3
1            4.0     0.009161     16.249382
2            1.6     0.006221      2.464664
3            2.8     0.013273     25.276389
4            4.2     0.022698     47.901356
5            3.0     0.008495     14.851779
6            3.1     0.016286     32.252683

#Mostrar su estructura
str(datos)

'data.frame':   65 obs. of  12 variables:
 $ Id_parcela             : int  4165 4165 4165 4165 4165 4165 4165 4165 4165 4165 ...
 $ DESCRIP_S7_C3          : chr  "VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO" "VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO" "VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO" "VEGETACI\xd3N SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XER\xd3FILO" ...
 $ NombreComun_C3         : chr  "Mezquite" "Mezquite" "Mezquite" "Mezquite" ...
 $ Familia_APG_C3         : chr  "Fabaceae" "Fabaceae" "Fabaceae" "Fabaceae" ...
 $ Genero_APG_C3          : chr  "Prosopis" "Prosopis" "Prosopis" "Prosopis" ...
 $ Especie_APG_C3         : chr  "juliflora" "NULL" "juliflora" "juliflora" ...
 $ NombreCientifico_APG_C3: chr  "Prosopis juliflora" "Prosopis" "Prosopis juliflora" "Prosopis juliflora" ...
 $ Forma_Biologica_Cat_C3 : chr  "Arbusto" "Indeterminada" "Arbusto" "Arbusto" ...
 $ Condicion_C3           : chr  "Arbol vivo" "Arbol muerto en pie" "Arbol vivo" "Arbol vivo" ...
 $ AlturaTotal_C3         : num  4 1.6 2.8 4.2 3 3.1 4.1 3.6 4.3 3.4 ...
 $ AreaBasal_C3           : num  0.00916 0.00622 0.01327 0.0227 0.0085 ...
 $ biomasa_kg_C3          : num  16.25 2.46 25.28 47.9 14.85 ...

datos <- read.csv("Individuos_InFys_latin1.csv",
                  header=T,
                  encoding = "latin1")

Paquete readr

Paquete para importar y exportar datos más fácilmente

library(readr)
datos <- read_csv("Individuos_InFys.csv", 
                  na = "")

Rows: 65 Columns: 12
── Column specification ────────────────────────────────────────────────────────
Delimiter: ","
chr (8): DESCRIP_S7_C3, NombreComun_C3, Familia_APG_C3, Genero_APG_C3, Espec...
dbl (4): Id_parcela, AlturaTotal_C3, AreaBasal_C3, biomasa_kg_C3

ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.

#Mostrar la parte superior de los datos
head(datos)

# A tibble: 6 × 12
  Id_parcela DESCRIP_S7_C3           NombreComun_C3 Familia_APG_C3 Genero_APG_C3
       <dbl> <chr>                   <chr>          <chr>          <chr>        
1       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA … Mezquite       Fabaceae       Prosopis     
2       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA … Mezquite       Fabaceae       Prosopis     
3       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA … Mezquite       Fabaceae       Prosopis     
4       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA … Mezquite       Fabaceae       Prosopis     
5       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA … Mezquite       Fabaceae       Prosopis     
6       4165 VEGETACIÓN SECUNDARIA … Mezquite       Fabaceae       Prosopis     
# ℹ 7 more variables: Especie_APG_C3 <chr>, NombreCientifico_APG_C3 <chr>,
#   Forma_Biologica_Cat_C3 <chr>, Condicion_C3 <chr>, AlturaTotal_C3 <dbl>,
#   AreaBasal_C3 <dbl>, biomasa_kg_C3 <dbl>

#Mostrar su estructura
str(datos)

spc_tbl_ [65 × 12] (S3: spec_tbl_df/tbl_df/tbl/data.frame)
 $ Id_parcela             : num [1:65] 4165 4165 4165 4165 4165 ...
 $ DESCRIP_S7_C3          : chr [1:65] "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBUSTIVA DE MEZQUITAL XERÓFILO" ...
 $ NombreComun_C3         : chr [1:65] "Mezquite" "Mezquite" "Mezquite" "Mezquite" ...
 $ Familia_APG_C3         : chr [1:65] "Fabaceae" "Fabaceae" "Fabaceae" "Fabaceae" ...
 $ Genero_APG_C3          : chr [1:65] "Prosopis" "Prosopis" "Prosopis" "Prosopis" ...
 $ Especie_APG_C3         : chr [1:65] "juliflora" "NULL" "juliflora" "juliflora" ...
 $ NombreCientifico_APG_C3: chr [1:65] "Prosopis juliflora" "Prosopis" "Prosopis juliflora" "Prosopis juliflora" ...
 $ Forma_Biologica_Cat_C3 : chr [1:65] "Arbusto" "Indeterminada" "Arbusto" "Arbusto" ...
 $ Condicion_C3           : chr [1:65] "Arbol vivo" "Arbol muerto en pie" "Arbol vivo" "Arbol vivo" ...
 $ AlturaTotal_C3         : num [1:65] 4 1.6 2.8 4.2 3 3.1 4.1 3.6 4.3 3.4 ...
 $ AreaBasal_C3           : num [1:65] 0.00916 0.00622 0.01327 0.0227 0.0085 ...
 $ biomasa_kg_C3          : num [1:65] 16.25 2.46 25.28 47.9 14.85 ...
 - attr(*, "spec")=
  .. cols(
  ..   Id_parcela = col_double(),
  ..   DESCRIP_S7_C3 = col_character(),
  ..   NombreComun_C3 = col_character(),
  ..   Familia_APG_C3 = col_character(),
  ..   Genero_APG_C3 = col_character(),
  ..   Especie_APG_C3 = col_character(),
  ..   NombreCientifico_APG_C3 = col_character(),
  ..   Forma_Biologica_Cat_C3 = col_character(),
  ..   Condicion_C3 = col_character(),
  ..   AlturaTotal_C3 = col_double(),
  ..   AreaBasal_C3 = col_double(),
  ..   biomasa_kg_C3 = col_double()
  .. )
 - attr(*, "problems")=<externalptr>

Paquete readxl

Para importar datos directamente desde un archivo de excel

De los datos que descargaron

library(readxl)
datos <- read_excel("INFyS_2015_2020_Michoacan_de_Ocampo_lHwLKIM.xlsx",
                  sheet = "Arbolado")

Warning: Expecting numeric in BW19313 / R19313C75: got 'NULL'

Warning: Expecting numeric in BX19313 / R19313C76: got 'NULL'

#Mostrar la parte superior de los datos
head(datos)

# A tibble: 6 × 76
  UPMID IdConglomerado ArboladoID_C3 Anio_C3 Cve_Estado_C3 Estado_C3 CVEECON1_C3
  <dbl>          <dbl>         <dbl>   <dbl>         <dbl> <chr>           <dbl>
1 40277          67761        801985    2019            16 Michoacá…          14
2 40277          67761        802033    2019            16 Michoacá…          14
3 40277          67761        802948    2019            16 Michoacá…          14
4 40279          67762        135014    2015            16 Michoacá…          14
5 40279          67762        135029    2015            16 Michoacá…          14
6 40279          67762        135035    2015            16 Michoacá…          14
# ℹ 69 more variables: CVEECON2_C3 <dbl>, CVEECON3_C3 <chr>, CVEECON4_C3 <chr>,
#   DESECON1_C3 <chr>, DESECON2_C3 <chr>, DESECON3_C3 <chr>, DESECON4_C3 <chr>,
#   Region_Hidrologica_C3 <chr>, CVE_S7_C3 <chr>, X_C3 <dbl>, Y_C3 <dbl>,
#   DESCRIP_S7_C3 <chr>, FORM_S7_C3 <chr>, FAO_S7_C3 <lgl>, ECO_S7_C3 <chr>,
#   Sitio_C3 <dbl>, Consecutivo_C3 <dbl>, NoIndividuo_C3 <dbl>,
#   NoRama_C3 <dbl>, Azimut_C3 <dbl>, Distancia_C3 <dbl>, NombreComun_C3 <chr>,
#   Familia_APG_C3 <chr>, Genero_APG_C3 <chr>, Especie_APG_C3 <chr>, …

#Mostrar su estructura
str(datos)

tibble [26,035 × 76] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
 $ UPMID                         : num [1:26035] 40277 40277 40277 40279 40279 ...
 $ IdConglomerado                : num [1:26035] 67761 67761 67761 67762 67762 ...
 $ ArboladoID_C3                 : num [1:26035] 801985 802033 802948 135014 135029 ...
 $ Anio_C3                       : num [1:26035] 2019 2019 2019 2015 2015 ...
 $ Cve_Estado_C3                 : num [1:26035] 16 16 16 16 16 16 16 16 16 16 ...
 $ Estado_C3                     : chr [1:26035] "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" ...
 $ CVEECON1_C3                   : num [1:26035] 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 ...
 $ CVEECON2_C3                   : num [1:26035] 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 ...
 $ CVEECON3_C3                   : chr [1:26035] "14.5.2" "14.5.2" "14.5.2" "14.5.2" ...
 $ CVEECON4_C3                   : chr [1:26035] "14.5.2.3" "14.5.2.3" "14.5.2.3" "14.5.2.3" ...
 $ DESECON1_C3                   : chr [1:26035] "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" ...
 $ DESECON2_C3                   : chr [1:26035] "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" ...
 $ DESECON3_C3                   : chr [1:26035] "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" ...
 $ DESECON4_C3                   : chr [1:26035] "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" ...
 $ Region_Hidrologica_C3         : chr [1:26035] "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" ...
 $ CVE_S7_C3                     : chr [1:26035] "BPQ" "BPQ" "BPQ" "VSA/BPQ" ...
 $ X_C3                          : num [1:26035] -103 -103 -103 -102 -102 ...
 $ Y_C3                          : num [1:26035] 18.2 18.2 18.2 18.2 18.2 ...
 $ DESCRIP_S7_C3                 : chr [1:26035] "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBÓREA DE BOSQUE DE PINO-ENCINO" ...
 $ FORM_S7_C3                    : chr [1:26035] "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" ...
 $ FAO_S7_C3                     : logi [1:26035] NA NA NA NA NA NA ...
 $ ECO_S7_C3                     : chr [1:26035] "Bosques" "Bosques" "Bosques" "Bosques" ...
 $ Sitio_C3                      : num [1:26035] 1 3 4 1 1 1 1 2 2 3 ...
 $ Consecutivo_C3                : num [1:26035] 9 19 13 1 14 20 22 12 8 2 ...
 $ NoIndividuo_C3                : num [1:26035] 9 10 8 1 14 20 22 12 8 2 ...
 $ NoRama_C3                     : num [1:26035] 9 19 13 1 16 22 24 12 8 2 ...
 $ Azimut_C3                     : num [1:26035] 44 276 202 16 178 239 281 223 116 135 ...
 $ Distancia_C3                  : num [1:26035] 9.5 8.5 1 9.5 4.4 5.7 8.2 8.5 11.2 3.8 ...
 $ NombreComun_C3                : chr [1:26035] "temezquite" "tocon" "ambula" "encino" ...
 $ Familia_APG_C3                : chr [1:26035] "Fabaceae" "ZZ Familia Desconocida" "Hernandiaceae" "Pinaceae" ...
 $ Genero_APG_C3                 : chr [1:26035] "Lysiloma" "ZZ Genero Desconocido" "Gyrocarpus" "Pinus" ...
 $ Especie_APG_C3                : chr [1:26035] "divaricatum" "NULL" "jatrophifolius" "oocarpa" ...
 $ Categoria_APG_C3              : chr [1:26035] "NULL" "NULL" "NULL" "NULL" ...
 $ Infraespecie_APG_C3           : chr [1:26035] "NULL" "NULL" "NULL" "NULL" ...
 $ NombreCientifico_APG_C3       : chr [1:26035] "Lysiloma divaricatum" "ZZ Genero Desconocido" "Gyrocarpus jatrophifolius" "Pinus oocarpa" ...
 $ Forma_Biologica_Cat_C3        : chr [1:26035] "Arbol" "Indeterminada" "Arbol" "Arbol" ...
 $ FormaFuste_C3                 : chr [1:26035] "Individuo curvo con dos o más fustes" "No capturado" "Individuo curvo con dos o más fustes" "individuo recto con un fuste" ...
 $ Condicion_C3                  : chr [1:26035] "Arbol vivo" "Tocon sin marca" "Arbol vivo" "Arbol vivo" ...
 $ MuertoPie_C3                  : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ GradoPutrefaccion_C3          : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ TipoTocon_C3                  : chr [1:26035] "No capturado" "Tocón madera seca (madera dura sin evidencias de descomposición)" "No capturado" "No capturado" ...
 $ DiametroNormal_C3             : num [1:26035] 7.9 41.2 11.2 16.4 8.7 17.8 25.4 17.4 27.5 36.4 ...
 $ AlturaTotal_C3                : num [1:26035] 8.5 0.97 4.65 8.8 4.5 10.2 13.8 11 15 8.7 ...
 $ AnguloInclinacion_C3          : num [1:26035] 999993 999993 999993 -1 -1 ...
 $ AlturaFusteLimpio_C3          : num [1:26035] 4.3 1.0e+06 1.4 6.7 2.4 ...
 $ AlturaComercial_C3            : num [1:26035] 1.0e+06 1.0e+06 1.4 5.0 1.0e+06 ...
 $ DiametroCopaNS_C3             : num [1:26035] 4.2 1.0e+06 3.2 2.8 3.0 ...
 $ DiametroCopaEO_C3             : num [1:26035] 3.4 1.0e+06 2.9 2.6 2.7 ...
 $ DiametroCopa_C3               : num [1:26035] 3.80 1.00e+06 3.05 2.70 2.85 ...
 $ ProporcionCopaViva_C3         : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ ExposicionCopa_C3             : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "SI" ...
 $ PosicionCopa_C3               : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "Suprimido" ...
 $ DensidadCopa_C3               : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ MuerteRegresiva_C3            : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ TransparenciaFollaje_C3       : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ VigorEtapa_C3                 : chr [1:26035] "Árbol joven" "No capturado" "Árbol joven" "Árbol joven" ...
 $ NivelVigor_C3                 : chr [1:26035] "Moderado" "No capturado" "Moderado" "No aplica" ...
 $ AreaBasal_C3                  : num [1:26035] 0.0049 0.13332 0.00985 0.02112 0.00594 ...
 $ AreaCopa_C3                   : num [1:26035] 1.13e+01 1.00e+06 7.30 5.73 6.38 ...
 $ AgenteDanio1_C3               : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "Ausencia de daño" ...
 $ AgenteDanio1_EST_C3           : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "Ausencia de daño" ...
 $ Severidad1_C3                 : chr [1:26035] "No aplica" "No aplica" "No aplica" "No aplica" ...
 $ AgenteDanio2_C3               : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "No capturado" ...
 $ AgenteDanio2_EST_C3           : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "No capturado" ...
 $ Severidad2_C3                 : chr [1:26035] "No aplica" "No aplica" "No aplica" "No aplica" ...
 $ EsSubmuestra_C3               : num [1:26035] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ DiametroBasalSub_validacion_C3: num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ Edad_C3                       : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ NumeroAnillos25_C3            : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ LongitudAnillos10_C3          : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ GrosorCorteza_C3              : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ es_para_estimacion_Volumen_C3 : num [1:26035] 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ VolumenVRTA_m3_C3             : num [1:26035] 2.64e-02 1.00e+06 2.75e-02 1.26e-01 1.24e-02 ...
 $ es_para_estimacion_ByC        : num [1:26035] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ biomasa_kg_C3                 : num [1:26035] 21 35.3 10.5 72.1 18.2 ...
 $ carbono_kg_C3                 : num [1:26035] 9.22 15.76 4.7 35.29 8.05 ...

library(readxl)
df <- read_excel("DivBosqInund_long.xlsx")

Error: `path` does not exist: 'DivBosqInund_long.xlsx'

Problemas comunes: líneas espurio

A veces vienen tablas con líneas en las que no estamos interesados.

library(readxl)
datos <- read_excel("INFyS_2015_2020_Michoacan_de_Ocampo_skip.xlsx",
                  sheet = "Arbolado",
                  skip = 2)

Manejo de un data frame (hoja de datos)

Leer datos completos desde excel:

library(readxl)
datos <- read_excel("INFyS_2015_2020_Michoacan_de_Ocampo_lHwLKIM.xlsx",
                  sheet = "Arbolado")

Warning: Expecting numeric in BW19313 / R19313C75: got 'NULL'

Warning: Expecting numeric in BX19313 / R19313C76: got 'NULL'

#Mostrar la parte superior de los datos
head(datos)

# A tibble: 6 × 76
  UPMID IdConglomerado ArboladoID_C3 Anio_C3 Cve_Estado_C3 Estado_C3 CVEECON1_C3
  <dbl>          <dbl>         <dbl>   <dbl>         <dbl> <chr>           <dbl>
1 40277          67761        801985    2019            16 Michoacá…          14
2 40277          67761        802033    2019            16 Michoacá…          14
3 40277          67761        802948    2019            16 Michoacá…          14
4 40279          67762        135014    2015            16 Michoacá…          14
5 40279          67762        135029    2015            16 Michoacá…          14
6 40279          67762        135035    2015            16 Michoacá…          14
# ℹ 69 more variables: CVEECON2_C3 <dbl>, CVEECON3_C3 <chr>, CVEECON4_C3 <chr>,
#   DESECON1_C3 <chr>, DESECON2_C3 <chr>, DESECON3_C3 <chr>, DESECON4_C3 <chr>,
#   Region_Hidrologica_C3 <chr>, CVE_S7_C3 <chr>, X_C3 <dbl>, Y_C3 <dbl>,
#   DESCRIP_S7_C3 <chr>, FORM_S7_C3 <chr>, FAO_S7_C3 <lgl>, ECO_S7_C3 <chr>,
#   Sitio_C3 <dbl>, Consecutivo_C3 <dbl>, NoIndividuo_C3 <dbl>,
#   NoRama_C3 <dbl>, Azimut_C3 <dbl>, Distancia_C3 <dbl>, NombreComun_C3 <chr>,
#   Familia_APG_C3 <chr>, Genero_APG_C3 <chr>, Especie_APG_C3 <chr>, …

#Mostrar su estructura
str(datos)

tibble [26,035 × 76] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
 $ UPMID                         : num [1:26035] 40277 40277 40277 40279 40279 ...
 $ IdConglomerado                : num [1:26035] 67761 67761 67761 67762 67762 ...
 $ ArboladoID_C3                 : num [1:26035] 801985 802033 802948 135014 135029 ...
 $ Anio_C3                       : num [1:26035] 2019 2019 2019 2015 2015 ...
 $ Cve_Estado_C3                 : num [1:26035] 16 16 16 16 16 16 16 16 16 16 ...
 $ Estado_C3                     : chr [1:26035] "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" ...
 $ CVEECON1_C3                   : num [1:26035] 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 ...
 $ CVEECON2_C3                   : num [1:26035] 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 ...
 $ CVEECON3_C3                   : chr [1:26035] "14.5.2" "14.5.2" "14.5.2" "14.5.2" ...
 $ CVEECON4_C3                   : chr [1:26035] "14.5.2.3" "14.5.2.3" "14.5.2.3" "14.5.2.3" ...
 $ DESECON1_C3                   : chr [1:26035] "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" ...
 $ DESECON2_C3                   : chr [1:26035] "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" ...
 $ DESECON3_C3                   : chr [1:26035] "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" ...
 $ DESECON4_C3                   : chr [1:26035] "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" ...
 $ Region_Hidrologica_C3         : chr [1:26035] "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" ...
 $ CVE_S7_C3                     : chr [1:26035] "BPQ" "BPQ" "BPQ" "VSA/BPQ" ...
 $ X_C3                          : num [1:26035] -103 -103 -103 -102 -102 ...
 $ Y_C3                          : num [1:26035] 18.2 18.2 18.2 18.2 18.2 ...
 $ DESCRIP_S7_C3                 : chr [1:26035] "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBÓREA DE BOSQUE DE PINO-ENCINO" ...
 $ FORM_S7_C3                    : chr [1:26035] "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" ...
 $ FAO_S7_C3                     : logi [1:26035] NA NA NA NA NA NA ...
 $ ECO_S7_C3                     : chr [1:26035] "Bosques" "Bosques" "Bosques" "Bosques" ...
 $ Sitio_C3                      : num [1:26035] 1 3 4 1 1 1 1 2 2 3 ...
 $ Consecutivo_C3                : num [1:26035] 9 19 13 1 14 20 22 12 8 2 ...
 $ NoIndividuo_C3                : num [1:26035] 9 10 8 1 14 20 22 12 8 2 ...
 $ NoRama_C3                     : num [1:26035] 9 19 13 1 16 22 24 12 8 2 ...
 $ Azimut_C3                     : num [1:26035] 44 276 202 16 178 239 281 223 116 135 ...
 $ Distancia_C3                  : num [1:26035] 9.5 8.5 1 9.5 4.4 5.7 8.2 8.5 11.2 3.8 ...
 $ NombreComun_C3                : chr [1:26035] "temezquite" "tocon" "ambula" "encino" ...
 $ Familia_APG_C3                : chr [1:26035] "Fabaceae" "ZZ Familia Desconocida" "Hernandiaceae" "Pinaceae" ...
 $ Genero_APG_C3                 : chr [1:26035] "Lysiloma" "ZZ Genero Desconocido" "Gyrocarpus" "Pinus" ...
 $ Especie_APG_C3                : chr [1:26035] "divaricatum" "NULL" "jatrophifolius" "oocarpa" ...
 $ Categoria_APG_C3              : chr [1:26035] "NULL" "NULL" "NULL" "NULL" ...
 $ Infraespecie_APG_C3           : chr [1:26035] "NULL" "NULL" "NULL" "NULL" ...
 $ NombreCientifico_APG_C3       : chr [1:26035] "Lysiloma divaricatum" "ZZ Genero Desconocido" "Gyrocarpus jatrophifolius" "Pinus oocarpa" ...
 $ Forma_Biologica_Cat_C3        : chr [1:26035] "Arbol" "Indeterminada" "Arbol" "Arbol" ...
 $ FormaFuste_C3                 : chr [1:26035] "Individuo curvo con dos o más fustes" "No capturado" "Individuo curvo con dos o más fustes" "individuo recto con un fuste" ...
 $ Condicion_C3                  : chr [1:26035] "Arbol vivo" "Tocon sin marca" "Arbol vivo" "Arbol vivo" ...
 $ MuertoPie_C3                  : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ GradoPutrefaccion_C3          : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ TipoTocon_C3                  : chr [1:26035] "No capturado" "Tocón madera seca (madera dura sin evidencias de descomposición)" "No capturado" "No capturado" ...
 $ DiametroNormal_C3             : num [1:26035] 7.9 41.2 11.2 16.4 8.7 17.8 25.4 17.4 27.5 36.4 ...
 $ AlturaTotal_C3                : num [1:26035] 8.5 0.97 4.65 8.8 4.5 10.2 13.8 11 15 8.7 ...
 $ AnguloInclinacion_C3          : num [1:26035] 999993 999993 999993 -1 -1 ...
 $ AlturaFusteLimpio_C3          : num [1:26035] 4.3 1.0e+06 1.4 6.7 2.4 ...
 $ AlturaComercial_C3            : num [1:26035] 1.0e+06 1.0e+06 1.4 5.0 1.0e+06 ...
 $ DiametroCopaNS_C3             : num [1:26035] 4.2 1.0e+06 3.2 2.8 3.0 ...
 $ DiametroCopaEO_C3             : num [1:26035] 3.4 1.0e+06 2.9 2.6 2.7 ...
 $ DiametroCopa_C3               : num [1:26035] 3.80 1.00e+06 3.05 2.70 2.85 ...
 $ ProporcionCopaViva_C3         : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ ExposicionCopa_C3             : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "SI" ...
 $ PosicionCopa_C3               : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "Suprimido" ...
 $ DensidadCopa_C3               : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ MuerteRegresiva_C3            : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ TransparenciaFollaje_C3       : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ VigorEtapa_C3                 : chr [1:26035] "Árbol joven" "No capturado" "Árbol joven" "Árbol joven" ...
 $ NivelVigor_C3                 : chr [1:26035] "Moderado" "No capturado" "Moderado" "No aplica" ...
 $ AreaBasal_C3                  : num [1:26035] 0.0049 0.13332 0.00985 0.02112 0.00594 ...
 $ AreaCopa_C3                   : num [1:26035] 1.13e+01 1.00e+06 7.30 5.73 6.38 ...
 $ AgenteDanio1_C3               : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "Ausencia de daño" ...
 $ AgenteDanio1_EST_C3           : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "Ausencia de daño" ...
 $ Severidad1_C3                 : chr [1:26035] "No aplica" "No aplica" "No aplica" "No aplica" ...
 $ AgenteDanio2_C3               : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "No capturado" ...
 $ AgenteDanio2_EST_C3           : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "No capturado" ...
 $ Severidad2_C3                 : chr [1:26035] "No aplica" "No aplica" "No aplica" "No aplica" ...
 $ EsSubmuestra_C3               : num [1:26035] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ DiametroBasalSub_validacion_C3: num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ Edad_C3                       : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ NumeroAnillos25_C3            : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
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 $ GrosorCorteza_C3              : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ es_para_estimacion_Volumen_C3 : num [1:26035] 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ VolumenVRTA_m3_C3             : num [1:26035] 2.64e-02 1.00e+06 2.75e-02 1.26e-01 1.24e-02 ...
 $ es_para_estimacion_ByC        : num [1:26035] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ biomasa_kg_C3                 : num [1:26035] 21 35.3 10.5 72.1 18.2 ...
 $ carbono_kg_C3                 : num [1:26035] 9.22 15.76 4.7 35.29 8.05 ...

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skim(datos)

Data summary
Name	datos
Number of rows	26035
Number of columns	76
_______________________
Column type frequency:
character	39
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numeric	36
________________________
Group variables	None

Variable type: character

skim_variable	complete_rate	min	max	n_unique
Estado_C3	1	19	19	1
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DESECON2_C3	1	20	44	5
DESECON3_C3	1	62	87	5
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Region_Hidrologica_C3	1	6	18	4
CVE_S7_C3	1	2	7	32
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FORM_S7_C3	1	7	24	9
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NombreComun_C3	1	1	26	1113
Familia_APG_C3	1	8	22	68
Genero_APG_C3	1	2	21	176
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Categoria_APG_C3	1	4	6	3
Infraespecie_APG_C3	1	4	11	8
NombreCientifico_APG_C3	1	2	37	401
Forma_Biologica_Cat_C3	1	5	13	7
FormaFuste_C3	1	12	36	4
Condicion_C3	1	10	19	4
MuertoPie_C3	1	12	31	5
GradoPutrefaccion_C3	1	4	12	5
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ProporcionCopaViva_C3	1	5	13	22
ExposicionCopa_C3	1	2	84	8
PosicionCopa_C3	1	7	14	8
DensidadCopa_C3	1	5	13	22
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TransparenciaFollaje_C3	1	3	13	22
VigorEtapa_C3	1	11	26	6
NivelVigor_C3	1	4	12	5
AgenteDanio1_C3	1	5	34	26
AgenteDanio1_EST_C3	1	5	19	15
Severidad1_C3	1	1	12	14
AgenteDanio2_C3	1	5	23	24
AgenteDanio2_EST_C3	1	5	19	16
Severidad2_C3	1	1	12	9

Variable type: logical

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FAO_S7_C3	26035	0	NaN	:

Variable type: numeric

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AlturaFusteLimpio_C3	0	1	130057.92	336367.34	0.10	1.90	2.90	6.00	999993.00	▇▁▁▁▁
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VolumenVRTA_m3_C3	0	1	114806.11	318792.07	0.00	0.03	0.07	0.26	999991.00	▇▁▁▁▁
es_para_estimacion_ByC	0	1	1.00	0.01	0.00	1.00	1.00	1.00	1.00	▁▁▁▁▇
biomasa_kg_C3	1	1	147.04	450.75	0.18	19.11	40.76	108.23	22319.79	▇▁▁▁▁
carbono_kg_C3	1	1	66.90	206.96	0.09	8.66	18.37	48.92	9976.95	▇▁▁▁▁

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¿Qué fijarse?

Tipos de variables.
Valores faltantes se codifican como NA. No es un cero, si no, es que no hay observación.
Valores máx y min (errores de dedo).
Niveles disponibles.
Homogeneización de nombres (Especies, tipos de vegetación, sitios de muestreo, etc).

Hagámoslo con R base

Estructura de datos y tipo de variables

str(datos)

tibble [26,035 × 76] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
 $ UPMID                         : num [1:26035] 40277 40277 40277 40279 40279 ...
 $ IdConglomerado                : num [1:26035] 67761 67761 67761 67762 67762 ...
 $ ArboladoID_C3                 : num [1:26035] 801985 802033 802948 135014 135029 ...
 $ Anio_C3                       : num [1:26035] 2019 2019 2019 2015 2015 ...
 $ Cve_Estado_C3                 : num [1:26035] 16 16 16 16 16 16 16 16 16 16 ...
 $ Estado_C3                     : chr [1:26035] "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" "Michoacán de Ocampo" ...
 $ CVEECON1_C3                   : num [1:26035] 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 ...
 $ CVEECON2_C3                   : num [1:26035] 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 14.5 ...
 $ CVEECON3_C3                   : chr [1:26035] "14.5.2" "14.5.2" "14.5.2" "14.5.2" ...
 $ CVEECON4_C3                   : chr [1:26035] "14.5.2.3" "14.5.2.3" "14.5.2.3" "14.5.2.3" ...
 $ DESECON1_C3                   : chr [1:26035] "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" "Selvas Calido-Secas" ...
 $ DESECON2_C3                   : chr [1:26035] "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" "Planicie Costera y Lomerios del Pacifico Sur" ...
 $ DESECON3_C3                   : chr [1:26035] "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" "Lomerios y Piedemontes del Pacifico Sur Mexicano con Selva Espinosa" ...
 $ DESECON4_C3                   : chr [1:26035] "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" "Planicie Costera y lomerios del Pacifico Sur con selva baja caducifolia" ...
 $ Region_Hidrologica_C3         : chr [1:26035] "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" "Costa de Michoacan" ...
 $ CVE_S7_C3                     : chr [1:26035] "BPQ" "BPQ" "BPQ" "VSA/BPQ" ...
 $ X_C3                          : num [1:26035] -103 -103 -103 -102 -102 ...
 $ Y_C3                          : num [1:26035] 18.2 18.2 18.2 18.2 18.2 ...
 $ DESCRIP_S7_C3                 : chr [1:26035] "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "BOSQUE DE PINO-ENCINO" "VEGETACIÓN SECUNDARIA ARBÓREA DE BOSQUE DE PINO-ENCINO" ...
 $ FORM_S7_C3                    : chr [1:26035] "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" "Coníferas y latifoliadas" ...
 $ FAO_S7_C3                     : logi [1:26035] NA NA NA NA NA NA ...
 $ ECO_S7_C3                     : chr [1:26035] "Bosques" "Bosques" "Bosques" "Bosques" ...
 $ Sitio_C3                      : num [1:26035] 1 3 4 1 1 1 1 2 2 3 ...
 $ Consecutivo_C3                : num [1:26035] 9 19 13 1 14 20 22 12 8 2 ...
 $ NoIndividuo_C3                : num [1:26035] 9 10 8 1 14 20 22 12 8 2 ...
 $ NoRama_C3                     : num [1:26035] 9 19 13 1 16 22 24 12 8 2 ...
 $ Azimut_C3                     : num [1:26035] 44 276 202 16 178 239 281 223 116 135 ...
 $ Distancia_C3                  : num [1:26035] 9.5 8.5 1 9.5 4.4 5.7 8.2 8.5 11.2 3.8 ...
 $ NombreComun_C3                : chr [1:26035] "temezquite" "tocon" "ambula" "encino" ...
 $ Familia_APG_C3                : chr [1:26035] "Fabaceae" "ZZ Familia Desconocida" "Hernandiaceae" "Pinaceae" ...
 $ Genero_APG_C3                 : chr [1:26035] "Lysiloma" "ZZ Genero Desconocido" "Gyrocarpus" "Pinus" ...
 $ Especie_APG_C3                : chr [1:26035] "divaricatum" "NULL" "jatrophifolius" "oocarpa" ...
 $ Categoria_APG_C3              : chr [1:26035] "NULL" "NULL" "NULL" "NULL" ...
 $ Infraespecie_APG_C3           : chr [1:26035] "NULL" "NULL" "NULL" "NULL" ...
 $ NombreCientifico_APG_C3       : chr [1:26035] "Lysiloma divaricatum" "ZZ Genero Desconocido" "Gyrocarpus jatrophifolius" "Pinus oocarpa" ...
 $ Forma_Biologica_Cat_C3        : chr [1:26035] "Arbol" "Indeterminada" "Arbol" "Arbol" ...
 $ FormaFuste_C3                 : chr [1:26035] "Individuo curvo con dos o más fustes" "No capturado" "Individuo curvo con dos o más fustes" "individuo recto con un fuste" ...
 $ Condicion_C3                  : chr [1:26035] "Arbol vivo" "Tocon sin marca" "Arbol vivo" "Arbol vivo" ...
 $ MuertoPie_C3                  : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ GradoPutrefaccion_C3          : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ TipoTocon_C3                  : chr [1:26035] "No capturado" "Tocón madera seca (madera dura sin evidencias de descomposición)" "No capturado" "No capturado" ...
 $ DiametroNormal_C3             : num [1:26035] 7.9 41.2 11.2 16.4 8.7 17.8 25.4 17.4 27.5 36.4 ...
 $ AlturaTotal_C3                : num [1:26035] 8.5 0.97 4.65 8.8 4.5 10.2 13.8 11 15 8.7 ...
 $ AnguloInclinacion_C3          : num [1:26035] 999993 999993 999993 -1 -1 ...
 $ AlturaFusteLimpio_C3          : num [1:26035] 4.3 1.0e+06 1.4 6.7 2.4 ...
 $ AlturaComercial_C3            : num [1:26035] 1.0e+06 1.0e+06 1.4 5.0 1.0e+06 ...
 $ DiametroCopaNS_C3             : num [1:26035] 4.2 1.0e+06 3.2 2.8 3.0 ...
 $ DiametroCopaEO_C3             : num [1:26035] 3.4 1.0e+06 2.9 2.6 2.7 ...
 $ DiametroCopa_C3               : num [1:26035] 3.80 1.00e+06 3.05 2.70 2.85 ...
 $ ProporcionCopaViva_C3         : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ ExposicionCopa_C3             : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "SI" ...
 $ PosicionCopa_C3               : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "Suprimido" ...
 $ DensidadCopa_C3               : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ MuerteRegresiva_C3            : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ TransparenciaFollaje_C3       : chr [1:26035] "No capturado" "No capturado" "No capturado" "No capturado" ...
 $ VigorEtapa_C3                 : chr [1:26035] "Árbol joven" "No capturado" "Árbol joven" "Árbol joven" ...
 $ NivelVigor_C3                 : chr [1:26035] "Moderado" "No capturado" "Moderado" "No aplica" ...
 $ AreaBasal_C3                  : num [1:26035] 0.0049 0.13332 0.00985 0.02112 0.00594 ...
 $ AreaCopa_C3                   : num [1:26035] 1.13e+01 1.00e+06 7.30 5.73 6.38 ...
 $ AgenteDanio1_C3               : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "Ausencia de daño" ...
 $ AgenteDanio1_EST_C3           : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "Ausencia de daño" ...
 $ Severidad1_C3                 : chr [1:26035] "No aplica" "No aplica" "No aplica" "No aplica" ...
 $ AgenteDanio2_C3               : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "No capturado" ...
 $ AgenteDanio2_EST_C3           : chr [1:26035] "Ausencia de daño" "Actividades humanas" "Ausencia de daño" "No capturado" ...
 $ Severidad2_C3                 : chr [1:26035] "No aplica" "No aplica" "No aplica" "No aplica" ...
 $ EsSubmuestra_C3               : num [1:26035] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ DiametroBasalSub_validacion_C3: num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ Edad_C3                       : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ NumeroAnillos25_C3            : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ LongitudAnillos10_C3          : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ GrosorCorteza_C3              : num [1:26035] 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 1e+06 ...
 $ es_para_estimacion_Volumen_C3 : num [1:26035] 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ VolumenVRTA_m3_C3             : num [1:26035] 2.64e-02 1.00e+06 2.75e-02 1.26e-01 1.24e-02 ...
 $ es_para_estimacion_ByC        : num [1:26035] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ biomasa_kg_C3                 : num [1:26035] 21 35.3 10.5 72.1 18.2 ...
 $ carbono_kg_C3                 : num [1:26035] 9.22 15.76 4.7 35.29 8.05 ...

Ver muestras de datos

head(datos)

# A tibble: 6 × 76
  UPMID IdConglomerado ArboladoID_C3 Anio_C3 Cve_Estado_C3 Estado_C3 CVEECON1_C3
  <dbl>          <dbl>         <dbl>   <dbl>         <dbl> <chr>           <dbl>
1 40277          67761        801985    2019            16 Michoacá…          14
2 40277          67761        802033    2019            16 Michoacá…          14
3 40277          67761        802948    2019            16 Michoacá…          14
4 40279          67762        135014    2015            16 Michoacá…          14
5 40279          67762        135029    2015            16 Michoacá…          14
6 40279          67762        135035    2015            16 Michoacá…          14
# ℹ 69 more variables: CVEECON2_C3 <dbl>, CVEECON3_C3 <chr>, CVEECON4_C3 <chr>,
#   DESECON1_C3 <chr>, DESECON2_C3 <chr>, DESECON3_C3 <chr>, DESECON4_C3 <chr>,
#   Region_Hidrologica_C3 <chr>, CVE_S7_C3 <chr>, X_C3 <dbl>, Y_C3 <dbl>,
#   DESCRIP_S7_C3 <chr>, FORM_S7_C3 <chr>, FAO_S7_C3 <lgl>, ECO_S7_C3 <chr>,
#   Sitio_C3 <dbl>, Consecutivo_C3 <dbl>, NoIndividuo_C3 <dbl>,
#   NoRama_C3 <dbl>, Azimut_C3 <dbl>, Distancia_C3 <dbl>, NombreComun_C3 <chr>,
#   Familia_APG_C3 <chr>, Genero_APG_C3 <chr>, Especie_APG_C3 <chr>, …

tail(datos)

# A tibble: 6 × 76
  UPMID IdConglomerado ArboladoID_C3 Anio_C3 Cve_Estado_C3 Estado_C3 CVEECON1_C3
  <dbl>          <dbl>         <dbl>   <dbl>         <dbl> <chr>           <dbl>
1 82692          57274        475769    2016            16 Michoacá…          12
2 82692          57274        475800    2016            16 Michoacá…          12
3 82692          57274        475807    2016            16 Michoacá…          12
4 82692          57274        475813    2016            16 Michoacá…          12
5 82692          57274        475825    2016            16 Michoacá…          12
6 82692          57274        475830    2016            16 Michoacá…          12
# ℹ 69 more variables: CVEECON2_C3 <dbl>, CVEECON3_C3 <chr>, CVEECON4_C3 <chr>,
#   DESECON1_C3 <chr>, DESECON2_C3 <chr>, DESECON3_C3 <chr>, DESECON4_C3 <chr>,
#   Region_Hidrologica_C3 <chr>, CVE_S7_C3 <chr>, X_C3 <dbl>, Y_C3 <dbl>,
#   DESCRIP_S7_C3 <chr>, FORM_S7_C3 <chr>, FAO_S7_C3 <lgl>, ECO_S7_C3 <chr>,
#   Sitio_C3 <dbl>, Consecutivo_C3 <dbl>, NoIndividuo_C3 <dbl>,
#   NoRama_C3 <dbl>, Azimut_C3 <dbl>, Distancia_C3 <dbl>, NombreComun_C3 <chr>,
#   Familia_APG_C3 <chr>, Genero_APG_C3 <chr>, Especie_APG_C3 <chr>, …

Hacer algunas pruebas:

Valores min/max

range(datos$biomasa_kg_C3)

[1] NA NA

range(datos$biomasa_kg_C3, na.rm = TRUE)

[1]     0.180181 22319.794310

Ver los valores con NA

indices <- which(is.na(datos$biomasa_kg_C3))
datos$biomasa_kg_C3[indices]

[1] NA

Valores faltantes

datos[which(is.na(datos$biomasa_kg_C3)),]

# A tibble: 1 × 76
  UPMID IdConglomerado ArboladoID_C3 Anio_C3 Cve_Estado_C3 Estado_C3 CVEECON1_C3
  <dbl>          <dbl>         <dbl>   <dbl>         <dbl> <chr>           <dbl>
1 79703          58050        832887    2019            16 Michoacá…          12
# ℹ 69 more variables: CVEECON2_C3 <dbl>, CVEECON3_C3 <chr>, CVEECON4_C3 <chr>,
#   DESECON1_C3 <chr>, DESECON2_C3 <chr>, DESECON3_C3 <chr>, DESECON4_C3 <chr>,
#   Region_Hidrologica_C3 <chr>, CVE_S7_C3 <chr>, X_C3 <dbl>, Y_C3 <dbl>,
#   DESCRIP_S7_C3 <chr>, FORM_S7_C3 <chr>, FAO_S7_C3 <lgl>, ECO_S7_C3 <chr>,
#   Sitio_C3 <dbl>, Consecutivo_C3 <dbl>, NoIndividuo_C3 <dbl>,
#   NoRama_C3 <dbl>, Azimut_C3 <dbl>, Distancia_C3 <dbl>, NombreComun_C3 <chr>,
#   Familia_APG_C3 <chr>, Genero_APG_C3 <chr>, Especie_APG_C3 <chr>, …

Valores extremos

range(datos$DiametroNormal_C3, na.rm = TRUE)

[1]      7.6 999993.0

Valores demasiado altos. Algunas veces en lugar de poner NA se usan valores como 99999 o -99999.

datos[datos$DiametroNormal_C3 >= 99999,]

# A tibble: 625 × 76
   UPMID IdConglomerado ArboladoID_C3 Anio_C3 Cve_Estado_C3 Estado_C3          
   <dbl>          <dbl>         <dbl>   <dbl>         <dbl> <chr>              
 1 48449          65760        197636    2015            16 Michoacán de Ocampo
 2 40287          67766        802997    2019            16 Michoacán de Ocampo
 3 40289          67767        134939    2015            16 Michoacán de Ocampo
 4 44863          66591        405491    2016            16 Michoacán de Ocampo
 5 46036          66301        406677    2016            16 Michoacán de Ocampo
 6 46132          66349        128928    2015            16 Michoacán de Ocampo
 7 41362          67481        141665    2015            16 Michoacán de Ocampo
 8 40287          67766        802966    2019            16 Michoacán de Ocampo
 9 40287          67766        802967    2019            16 Michoacán de Ocampo
10 38204          68270        143190    2015            16 Michoacán de Ocampo
# ℹ 615 more rows
# ℹ 70 more variables: CVEECON1_C3 <dbl>, CVEECON2_C3 <dbl>, CVEECON3_C3 <chr>,
#   CVEECON4_C3 <chr>, DESECON1_C3 <chr>, DESECON2_C3 <chr>, DESECON3_C3 <chr>,
#   DESECON4_C3 <chr>, Region_Hidrologica_C3 <chr>, CVE_S7_C3 <chr>,
#   X_C3 <dbl>, Y_C3 <dbl>, DESCRIP_S7_C3 <chr>, FORM_S7_C3 <chr>,
#   FAO_S7_C3 <lgl>, ECO_S7_C3 <chr>, Sitio_C3 <dbl>, Consecutivo_C3 <dbl>,
#   NoIndividuo_C3 <dbl>, NoRama_C3 <dbl>, Azimut_C3 <dbl>, …

Sustituir por NA

datos$DiametroNormal_C3[datos$DiametroNormal_C3 >= 99999] <- NA

range(datos$DiametroNormal_C3, na.rm = TRUE)

[1]  7.6 60.0

Ya más lógico. Habría que hacer lo mismo con varias variables, pero lo dejaremos para después.

Seleccinoar parte de los datos

sbc <- subset(datos,
       datos$CVE_S7_C3=="SBC")
sbc

# A tibble: 2,171 × 76
   UPMID IdConglomerado ArboladoID_C3 Anio_C3 Cve_Estado_C3 Estado_C3          
   <dbl>          <dbl>         <dbl>   <dbl>         <dbl> <chr>              
 1 41382          67491        135203    2015            16 Michoacán de Ocampo
 2 41382          67491        135236    2015            16 Michoacán de Ocampo
 3 41382          67491        135250    2015            16 Michoacán de Ocampo
 4 41382          67491        135301    2015            16 Michoacán de Ocampo
 5 41382          67491        135340    2015            16 Michoacán de Ocampo
 6 41382          67491        135358    2015            16 Michoacán de Ocampo
 7 41382          67491        135361    2015            16 Michoacán de Ocampo
 8 41382          67491        135379    2015            16 Michoacán de Ocampo
 9 41382          67491        135408    2015            16 Michoacán de Ocampo
10 41386          67493        402761    2016            16 Michoacán de Ocampo
# ℹ 2,161 more rows
# ℹ 70 more variables: CVEECON1_C3 <dbl>, CVEECON2_C3 <dbl>, CVEECON3_C3 <chr>,
#   CVEECON4_C3 <chr>, DESECON1_C3 <chr>, DESECON2_C3 <chr>, DESECON3_C3 <chr>,
#   DESECON4_C3 <chr>, Region_Hidrologica_C3 <chr>, CVE_S7_C3 <chr>,
#   X_C3 <dbl>, Y_C3 <dbl>, DESCRIP_S7_C3 <chr>, FORM_S7_C3 <chr>,
#   FAO_S7_C3 <lgl>, ECO_S7_C3 <chr>, Sitio_C3 <dbl>, Consecutivo_C3 <dbl>,
#   NoIndividuo_C3 <dbl>, NoRama_C3 <dbl>, Azimut_C3 <dbl>, …

Ver los valores únicos hay en una variable

unique(datos$CVE_S7_C3)

 [1] "BPQ"     "VSA/BPQ" "BQ"      "VSa/SBC" "VSA/SMS" "SBC"     "VM"     
 [8] "VSa/BQ"  "PC"      "VSa/BPQ" "VSa/BP"  "BP"      "VSA/SBC" "VSA/BQ" 
[15] "VSA/BP"  "BQP"     "VSa/BQP" "TAP"     "RAP"     "TA"      "AH"     
[22] "BA"      "BC"      "VSa/BA"  "BM"      "VSA/BA"  "VSA/BM"  "PI"     
[29] "RP"      "VSA/BQP" "RA"      "TP"

length(unique(datos$CVE_S7_C3))

[1] 32

mean(datos$DiametroNormal_C3, na.rm = TRUE)

[1] 16.88959

mean(datos$AlturaTotal_C3)

[1] 6998.692

sd(datos$AlturaTotal_C3)

[1] 83317.33

t(datos$CVE_S7_C3)[1:10]

 [1] "BPQ"     "BPQ"     "BPQ"     "VSA/BPQ" "VSA/BPQ" "VSA/BPQ" "VSA/BPQ"
 [8] "VSA/BPQ" "VSA/BPQ" "VSA/BPQ"

Hay algo mal. Altura total tiene el mismo problema de los NA codificados como números muy altos.

unique(datos$CVE_S7_C3)

 [1] "BPQ"     "VSA/BPQ" "BQ"      "VSa/SBC" "VSA/SMS" "SBC"     "VM"     
 [8] "VSa/BQ"  "PC"      "VSa/BPQ" "VSa/BP"  "BP"      "VSA/SBC" "VSA/BQ" 
[15] "VSA/BP"  "BQP"     "VSa/BQP" "TAP"     "RAP"     "TA"      "AH"     
[22] "BA"      "BC"      "VSa/BA"  "BM"      "VSA/BA"  "VSA/BM"  "PI"     
[29] "RP"      "VSA/BQP" "RA"      "TP"

length(unique(datos$CVE_S7_C3))

[1] 32

mean(datos$DiametroNormal_C3, na.rm = TRUE)

[1] 16.88959

datos$AlturaTotal_C3[datos$AlturaTotal_C3 >= 99999] <- NA
mean(datos$AlturaTotal_C3)

[1] NA

mean(datos$AlturaTotal_C3, na.rm = TRUE)

[1] 8.2088

sd(datos$AlturaTotal_C3, na.rm = TRUE)

[1] 5.498026

t(datos$CVE_S7_C3)[1:10]

 [1] "BPQ"     "BPQ"     "BPQ"     "VSA/BPQ" "VSA/BPQ" "VSA/BPQ" "VSA/BPQ"
 [8] "VSA/BPQ" "VSA/BPQ" "VSA/BPQ"

Ordenar

glimpse sirve para echar un vistazo a los datos.

temp2<-order(datos$AlturaTotal_C3)
dplyr::glimpse(temp2)

 int [1:26035] 10697 132 4799 5000 5809 6065 6092 6793 6794 7420 ...

dplyr::glimpse(datos$AlturaTotal_C3[temp2])

 num [1:26035] 0.09 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 ...

Gráficas básicas

plot(variable de eje x, variable de eje y)
Type
Col
Xlim
Ylim

plot(datos$DiametroNormal_C3,datos$biomasa_kg_C3)

plot(datos$AlturaTotal_C3,datos$biomasa_kg_C3)

plot(datos$DiametroNormal_C3,datos$biomasa_kg_C3,
     xlim = c(0,50),
     ylim = c(0,1000))

Ayuda a ver posibles patrones y comportamientos entre variables.

Histograma

hist(datos$DiametroNormal_C3)

Barplot

sitios <- by(datos$IdConglomerado, 
              datos$CVE_S7_C3, 
              FUN = function(x) length(unique(x)))
sitios <- as.data.frame(sitios)
barplot(sitios$x,
        names.arg=rownames(sitios))

Pie

By permite corre funciones por un factor. Luego vamos a ver la versión del tidyverse.

arboles <- by(datos, datos$CVE_S7_C3, FUN = function(x){
  return(nrow(x))
})
arboles <- as.data.frame(arboles)
pie(arboles$x,labels=rownames(arboles))

Boxplot

subdf <- datos[!is.na(datos$biomasa_kg_C3),]
boxplot(subdf$biomasa_kg_C3 ~ subdf$CVE_S7_C3,
        ylim = c(0,1000))

Manejo de errores comunes

No existe la función o el objeto Error: object ‘X’ not found

Revisar que el objeto o función esté bien escrita, con mayúsculas, minúsculas, _, etc.
Revisar que el objeto o la función haya sido declarada en el espacio de trabajo.
Revisar que se haya cargado el paquete en el que viene la función a utilizar, en el espacio de trabajo.

Warnings

Escribir warnings() para ver de qué se tratan las advertencias.
Normalmente no se tratan de errores críticos, pero pueden avisar sobre detalles importantes a considerar en el análisis (pueden sugerir cambios en el análisis).
No existe el archivo Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection In addition: Warning message: cannot open file ‘X’: No such file or directory
Revisar que la ruta esté escrita correctamente, utilizando:
- Extensión del archivo (.csv)
- / en lugar de \.
- Algunas veces hay problemas con caracteres especiales (acentos o espacios). Sugerencia: utilizar _ para espacios y evitar acentos.
Error de asignación de dimensiones
Error in X : subscript out of bounds
Revisar que el objeto sea del tipo y dimensiones que se piensa (p.ej. data frame y con x renglones y columnas)
Revisar la estructura del objeto.
Error de asignación de dimensiones.